Я использую Arch Linux. У меня сработало следующее:
Добавить в Gemfile:
group :development do
gem 'libnotify'
end
Добавить в файл защиты, внутри "guard: tests do":
notification :libnotify, :timeout => 1, :transient => true, :append => false, :urgency => :low
снова запустите установку пакета, перезапустите сторож и все заработает.
Возможно, GNOME 3.4 не скрывает критические уведомления.