Да, можно создать специальную плату с микроконтроллером ARM9 или ARM7 и использовать .NET Micro Framework. Я предлагаю выбрать точное соответствие модели поддерживаемому MicroController. Если вы не получите точного соответствия, вам может понадобиться использовать комплект портирования MicroFramework и написать драйверы или изменить код на C (не на C #) для поддержки любых различий.
Например, ваша задача довольно проста, поэтому я предлагаю начать с http://www.sparkfun.com/categories/184 Найдите плату, которая поддерживает то, что вам нужно, затем создайте свою собственную плату на основе одного из этих чипов, а затем просто используйте доступную прошивку, которая обычно доступно бесплатно (подтвердите, прежде чем заходить слишком далеко).
Действительно, если вы не планируете изготовить 100 своих идей, я бы подумал о покупке доски за 30-65 долларов. Быстрый взгляд на www.mouser.com показал, что Netduino MicroController стоит 20 долларов США в единичных количествах.