Вы можете создать MSP (Patch) только для MSI (Installer).Кроме того, вы столкнетесь с проблемами подсчета ссылок на компоненты, если вы установите их в тот же каталог, что и исходная установка.Проблема в том, что MSI увидит, что файл уже существует, сделает его общим ресурсом и увеличит счетчики использования.Затем при удалении он будет уменьшаться, видеть, что это не 0, и удалять для удаления файлов.
Я бы предложил установить в новый каталог, а затем использовать таблицу RemoveFile, чтобы избавиться от старых файлов.Также я бы рекомендовал следовать хорошим практикам CM / Versioning, чтобы вам не приходилось беспокоиться о хакерских атаках, таких как Version Lying.
Если все ваше приложение просто нуждается в xcopy файлах, настройте каталог и, возможно,ShortCut, это должен быть кусок пирога.