Вам не нужно возвращать всю эту информацию. Как я понял, все, что вам нужно, это пин-код, поэтому ваш запрос должен быть таким:
$user = $collection->findOne(
array(
'username' => $username,
'password' => $password,
),
array(
'pincode' => 1,
'_id' => 0
)
)
;
$ user ['pincode'] будет нужным вам пин-кодом.
второй массив гарантирует, что вы не получите никакой дополнительной и неважной информации, кроме пин-кода