WCF - это просто структура, упрощающая общение, она сама по себе ничего не делает.
JSON - это просто хороший способ передачи данных, особенно при отправке на веб-страницу, поскольку он может быть более компактным, чем XML, а Javascript может анализировать JSON быстрее, чем XML, поскольку JSON создан для JavaScript.
Если у вас есть конфиденциальная информация, вы можете либо зашифровать эти конкретные данные, либо просто использовать SSL-соединения, но это может повлиять на производительность.