Я разделил проект MVC на две части примерно так, как описано в Ответе Марка Симанса.
MVCApplication является скромным объектом и требует ссылок на все, но не имеет никакого кода MVC, кроме global.asax (который ему нужен) и web.config (который, кажется, хочет),
Проект MvcUI ссылается только на интерфейсы и использует внедрение зависимостей.
Если вы поместите оба проекта (файлы .csproj) в один каталог, тогда папки Content, Controllers, Models, Scripts и Viewsвсе они фактически находятся в одном и том же месте, поэтому все инструменты работают.
На рисунке ниже показана идея решения.
Структура директории выглядит как-товот так
И у вас получится график зависимости вот так