Вот что я в итоге сделал:
Создание нового репо на GitHub
Клонирование нового репо
git clone git@github.com:svnpenn/spoon-knife.git
Добавить исходный код из исходного репо
cd Spoon-Knife
git remote add upstream git://spoon.com/knife.git
git fetch upstream
git merge upstream/master
Вставить исходный код в новый репо
git push origin master
С этого момента вы можете начать фиксировать свой собственный исходный код!
source: help.github.com / fork-a-repo