Могу ли я повлиять на то, как Entity Framework
сопоставляет мои таблицы, чтобы я мог избавиться от этих реляционных (бесполезных)
лица?
Нет, вы не можете заставить дизайнера EF сделать это. При использовании автоматических инструментов вы всегда заканчиваете соединительную таблицу, отображаемую как отдельную сущность, потому что она больше не рассматривается как соединительная таблица - у нее есть специальные данные (отдельный ключ), которые дают этой сущности новые возможности (например, связь между двумя сущностями может существует несколько раз, что невозможно при обычной таблице соединений).
Единственный способ избежать этого - отказаться от поддержки инструментов и использовать либо сопоставление кода, либо вручную написать файл EDMX и не сообщать EF об этом дополнительном ключе. Вместо этого позвольте EF поверить, что есть только те два FK, которые формируют составные PK, как и ожидалось из таблицы соединений. Очевидно, что если ваша база данных требует специальных возможностей, предоставляемых отдельным ПК, вы не сможете этого сделать.