edit: Сначала я подумал, что «Улучшенный порядок переименования» на http://www.emacswiki.org/emacs/WDired#toc4 выглядел как решение, но следующий комментарий предполагает, что об этом позаботились в стандартном коде, поэтому я думаю, что это не такt охватить вашу ситуацию.
edit 2: Какую версию Emacs вы используете?
После того, как вы снова посмотрите на описание этого устаревшего патча, а затем проведете некоторое тестирование в Emacs 23.2.1,Кажется, это довольно умно, и я получил сообщение «Циркулярное переименование: использование временного имени файла», когда будут сгенерированы дубликаты, и конечный результат будет правильным.