Похоже, вы не можете прикоснуться к WAR, и нет простого способа остановить один сервис в WAR без его развертывания или изменения кода. Это немного в темноте, но, возможно, вам удастся отдельно развернуть Tomcat Valve на уровне контейнера, который перехватывает http-запросы, привязанные (то есть соответствующие URI) к веб-службе heartbeat. Если вы хотите снова включить сердцебиение, вы снимаете клапан.
Это не останавливает сердцебиение, но вы можете помешать ему получать запросы.