После того, как curses инициализирован, вы должны выполнить весь вывод через него - иначе это будет выглядеть глупо (как вы видите).
Вы не можете просто использовать print / sys. (Stdout | stderr) .write, так как это повлияет на вывод ncurses.
Лучшим решением было бы создать панель ncurses для регистрации, перенаправить на нее все сообщения журнала.Для этого вы можете настроить свой обработчик логов (для вдохновения посмотрите logging.handlers ).