Возможно, вы используете DEFLATE_64 в коде .net. Это сжимает до 64 Кбайт блоков, DEFLATE, который поддерживает Java, сжимает только до 32 Кб блоков. На стороне .net попробуйте настроить ваш компрессор на использование только DEFLATE вместо того, чтобы разрешить ему использовать DEFLATE_64, и вам может повезти больше.