Что означает эта ошибка ImportError при импорте файла .so, созданного на Cython? - PullRequest
Новая
       30

Что означает эта ошибка ImportError при импорте файла .so, созданного на Cython?

7 голосов
/ 15 августа 2011

Я хожу по документации по Cython и собираю каждое из примеров приложений.Я немного застрял в использовании библиотек C.После успешной сборки .so файла и попытки импортировать его в файл python с именем test.py выдается следующая ошибка.

$ python3.2 test.py 
Traceback (most recent call last):
  File "test.py", line 12, in <module>
    from queue import Queue
ImportError: dlopen(/Users/jeremy/Development/labs/python/cython_lib_wrapper/queue.so, 2): Symbol not found: _queue_free
  Referenced from: /Users/jeremy/Development/labs/python/cython_lib_wrapper/queue.so
  Expected in: flat namespace
 in /Users/jeremy/Development/labs/python/cython_lib_wrapper/queue.so

Файл .so находится прямо рядом с файлом test.py.Таким образом, кажется, что это должно быть найдено.Это работает последняя версия Cython, с Python 3.2 на OSX 10.6.

Есть идеи?

Редактировать - добавить команду построения и вывод 

$ python3.2 setup.py build_ext --inplace
running build_ext
cythoning queue.pyx to queue.c
building 'queue' extension
gcc-4.2 -fno-strict-aliasing -fno-common -dynamic -DNDEBUG -g -O3 -isysroot /Developer/SDKs/MacOSX10.6.sdk -arch i386 -arch x86_64 -isysroot /Developer/SDKs/MacOSX10.6.sdk -I/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.2/include/python3.2m -c queue.c -o build/temp.macosx-10.6-intel-3.2/queue.o
    queue.c: In function ‘__pyx_f_5queue_5Queue_append’:
    queue.c:627: warning: cast to pointer from integer of different size
    queue.c: In function ‘__pyx_f_5queue_5Queue_extend’:
    queue.c:740: warning: cast to pointer from integer of different size
    queue.c: In function ‘__pyx_f_5queue_5Queue_peek’:
    queue.c:813: warning: cast from pointer to integer of different size
    queue.c: In function ‘__pyx_f_5queue_5Queue_pop’:
    queue.c:965: warning: cast from pointer to integer of different size
    gcc-4.2 -bundle -undefined dynamic_lookup -arch i386 -arch x86_64 -isysroot /Developer/SDKs/MacOSX10.6.sdk -isysroot /Developer/SDKs/MacOSX10.6.sdk -g build/temp.macosx-10.6-intel-3.2/queue.o -o

Редактировать 2 - добавить команду "otool", запрошенную вкомментарий 

queue.so:
    /usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 125.2.0)

Редактировать 3 - добавить вывод "nm" 

U ___stack_chk_fail
U ___stack_chk_guard
U _queue_free
U _queue_is_empty
U _queue_new
U _queue_peek_head
U _queue_pop_head
U _queue_push_tail
U dyld_stub_binder

grep cmd выводит это: 

(undefined) external _queue_free (dynamically looked up)

1 Ответ

7 голосов
/ 16 августа 2011

EDIT:

Ах, вы не упоминали, что зависели от кода в libcalg. Этот материал должен быть скомпилирован и включен при сборке CEXTENS.

Просто измените setup.py:

# setup.py
# ...
ext_modules = [Extension("queue", ["queue.pyx", "libcalg/queue.c"])]
# ...

Мы могли бы сделать шаг назад и посмотреть, сможете ли вы построить действительно простой пример:

Я попробовал следующее (3 файла, myext.pyx, test.py, setup.py), и, похоже, оно работает нормально. Конечно, я использую OS X 10.7, поэтому она не совсем такая же, как ваша среда. Чтобы исключить различия, возможно, вы можете скопировать их и создать их как проверку работоспособности.

Содержимое myext.pyx: 

# myext.pyx
def square(x):
    return x * x

Содержимое test.py 

# test.py
from myext import square
print "%d squared is %d"%(4, square(4))

Содержимое файла setup.py:

# setup.py
from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext

ext_modules = [Extension("myext", ["myext.pyx"])]

setup(
  name = 'Hello world app',
  cmdclass = {'build_ext': build_ext},
  ext_modules = ext_modules
)

Я создаю каталог, содержащий эти 3 файла: 

cython_test$ /usr/bin/python setup.py build_ext --inplace 
running build_ext
cythoning myext.pyx to myext.c
building 'myext' extension
creating build
creating build/temp.macosx-10.7-intel-2.7
llvm-gcc-4.2 -fno-strict-aliasing -fno-common -dynamic -g -Os -pipe -fno-common -fno-strict-aliasing -fwrapv -mno-fused-madd -DENABLE_DTRACE -DMACOSX -DNDEBUG -Wall -Wstrict-prototypes -Wshorten-64-to-32 -DNDEBUG -g -fwrapv -Os -Wall -Wstrict-prototypes -DENABLE_DTRACE -arch i386 -arch x86_64 -pipe -I/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/include/python2.7 -c myext.c -o build/temp.macosx-10.7-intel-2.7/myext.o
llvm-gcc-4.2 -Wl,-F. -bundle -undefined dynamic_lookup -Wl,-F. -arch i386 -arch x86_64 build/temp.macosx-10.7-intel-2.7/myext.o -o /Users/steder/SO/cython_test/myext.so

cython_test$ python test.py
4 squared is 16:

Моя среда имеет аналогичные выходные данные otool, и DYLD_LIBRARY_PATH также не установлен, но nm -m показывает квадрат в соответствии с определением.

В частности: 

00000000000011d0 (__DATA,__data) non-external ___pyx_k__square
00000000000011e0 (__DATA,__data) non-external ___pyx_mdef_5myext_square
0000000000001218 (__DATA,__bss) non-external ___pyx_n_s__square
0000000000000c80 (__TEXT,__text) non-external ___pyx_pf_5myext_square

Пожалуйста, сделайте снимок и посмотрите, что он показывает в вашей среде.

...