Я сделал это несколько месяцев назад, и у меня не было серьезных проблем. Я думаю, что мне пришлось внести пару изменений в несколько соответствующих вызовов и использовать сборку NHibernate20. Попробуй, какой вред это принесет? Пока ваш код находится в системе контроля версий, вы сможете вернуться обратно. И тогда вы можете запустить свои тесты; -)
.NET Framework 3.0 или 3.5 тоже подойдет, так как они оба находятся над .net 2.0: http://en.wikipedia.org/wiki/File:DotNet.svg
Удачи.