Вы должны использовать опцию - parent для команды копирования:
svn cp --parents ./dir2/subdir2 http://repourl/branches/my_new_branch/dir2/subdir2
Таким образом Subversion создает все промежуточные каталоги (я не уверен, что вам нужен subdir2, пожалуйста, проверьте его)