При использовании wsimport можно генерировать только публичные классы.Таким образом, ваш единственный вариант - искать / заменять в сгенерированных файлах, если вы хотите сделать их защищенными.Однако, в зависимости от того, что вы хотите сделать с сгенерированными классами, может не иметь смысла делать их защищенными.