Я никогда раньше не слышал, чтобы серверная технология .Net имела лучшую поддержку Flash, чем Java . Фактически, RED5 (медиа-сервер с открытым исходным кодом для Flash) реализован на Java.
Что касается возможностей, то и .Net и Java будут более чем способны дублировать и расширять ту же обработку изображений, что и во Flash, и оба будут иметь библиотеки и службы, поддерживающие AMF на случай, если вам это нужно.
Flash в любом случае в значительной степени независим от сервера, поэтому, если у вас нет более конкретных причин, я думаю, вам следует использовать тот язык, который вам удобнее (кажется, Java )