Два способа: -
//This will write all the XML into the bin/mappings folder
mapper.CompileMappingForEachExplicitlyAddedEntity().WriteAllXmlMapping();
Остерегайтесь этого метода, описанного выше, так как ваше приложение asp.net будет перезагружаться при обнаружении изменений в папке bin, другой способ: -
var mapping = mapper.CompileMappingForAllExplicitlyAddedEntities();
//you could add a breakpoint here!
var mappingXml = mapping.AsString();