".*query\\=(.*)\\&search_field.*"
Это регулярное выражение должно работать, чтобы дать вам захват того, что вы хотите удалить Тогда String.replace должен добиться цели.
Редактировать - ответ на комментарий. Следующий код ...
String s = "GET /opacial/index.php?op=results&catalog=1&view=1&language=el&numhits=10&query=\\xce\\x95\\xce\\xbb\\xce\\xbb\\xce\\xac\\xce\\xb4\\xce\\xb1%20--%20\\xce\\x95\\xce\\xb8\\xce\\xbd\\xce\\xb9\\xce\\xba\\xce\\xad\\xcf\\x82%20\\xcf\\x83\\xcf\\x87\\xce\\xad\\xcf\\x83\\xce\\xb5\\xce\\xb9\\xcf\\x82%20 --%20\\xce\\x99\\xcf\\x83\\xcf\\x84\\xce\\xbf\\xcf\\x81\\xce\\xaf\\xce\\xb1&search_field=11&page=1";
Pattern p = Pattern.compile(".*query\\=(.*)\\&search_field.*");
Matcher m = p.matcher(s);
if (m.matches()){
String betweenQueryAndSearch = m.group(1);
System.out.println(betweenQueryAndSearch);
}
Произвел следующий вывод ....
\xce\x95\xce\xbb\xce\xbb\xce\xac\xce\xb4\xce\xb1%20--%20\xce\x95\xce\xb8\xce\xbd\xce\xb9\xce\xba\xce\xad\xcf\x82%20\xcf\x83\xcf\x87\xce\xad\xcf\x83\xce\xb5\xce\xb9\xcf\x82%20 --%20\xce\x99\xcf\x83\xcf\x84\xce\xbf\xcf\x81\xce\xaf\xce\xb1