Если вы говорите об основных классах, таких как java.lang.System, java.io.File, java.net.Socket и т. Д., То да, многие из них "заканчиваются" вызовом нативного кода, потому что это классы, которые «связываются» со всеми различными платформами, на которых работает Java, и этот нативный код - то, что скрывает различия и позволяет коду Java работать одинаково на каждой платформе. Тем не менее, для каждого метода, который заканчивается собственным вызовом, вероятно, существует миллион, которые этого не делают, поэтому ответ на ваш вопрос - «нет».