Поскольку вы используете Java WebApp, я предполагаю, что вы используете контейнер (например, Tomcat) или сервер приложений (например, JBoss). В обоих случаях вы должны использовать управляемые соединения с помощью контейнера через JNDI. В этом случае вы можете просто использовать JMX (или консоль администратора) для изменения фактического источника данных, для указания на резервную базу данных, очистки пула и повторного открытия новых соединений. Когда вы закончите, просто выполните те же шаги, указывая источник данных на фактическую базу данных.
Если вы не используете управляемые соединения в контейнере, вам не повезло. Поскольку конфигурация Hibernate является статической, вам необходимо завершить работу приложения, развернуть его новую версию с вашим persistence.xml / hibernate.cfg.xml, указывающим на резервную копию, выполнить обслуживание и развернуть «старую» версию когда вы сделали.