CLLocationCoordinate2D и MKMaPPoint являются структурами, а не классами, поэтому их экземпляры нельзя хранить непосредственно в NSMutableArray. Вы можете обернуть их в соответствующий контейнер или использовать просто старые массивы в стиле C. Для целей, которые вы описываете, вы можете просто захотеть создать MKPolyline из точек и сохранить только этот объект, если вам не нужно сохранять фактические координаты сами.
Чтобы ответить на вопрос вашего раздела, да, можно проложить маршрут с помощью MKPolyline.