Во время работы процессора аннотаций проверяемый класс существует только в исходной форме.Таким образом, вы не можете вызывать методы для него.
Кроме того, обработчики аннотаций не могут напрямую изменять скомпилированный класс.Вместо этого вы должны создать новый класс:
Filer filer = env.getFiler();
PrintWriter pw = filer.createSourceFile("com.example.MyClass");