Не эксперт в этом вопросе, но я бы сказал, что самый простой и надежный метод заключается в том, чтобы фактически отобразить их страницу в браузере, чтобы гарантировать, что все CSS и JavaScript применяются так же, как и пользователь.
Очевидно, что вы не хотите делать это самостоятельно, но я предполагаю, что на вашем сайте есть страница, где пользователи сообщают вам, что они добавили ссылку на нее, или где они запрашивают бесплатное использование на основе этой ссылки. На этом этапе вы можете загрузить их страницу в скрытый IFrame, а затем использовать JavaScript (JQuery, несомненно, будет проще), чтобы найти вашу ссылку и запросить ее видимость.
Это может быть осложнено междоменными проблемами безопасности (доступ к содержимому IFrame), но прокси на вашем сервере может легко обойти это.
Без использования браузера и JavaScript я могу себе представить, что было бы огромной задачей проанализировать их серверную часть HTML, CSS и JavaScript и найти любой намек на то, что ваша ссылка не видна - так как существует множество способов, которыми она могла бы быть скрытым (даже случайно).