Поскольку вы теперь передаете по ссылке, вы можете изменить переменную в методе, и изменения будут применены к исходной переменной. Однако, как у вас сейчас, вы вообще не меняете переменную, а просто возвращаете результат выражения, как в первом примере. У вас должно быть что-то вроде этого:
class Application_Controller_Action_Helper_TestHelper extends Zend_Contr[...] {
public function direct(&$var) {
$var = $var + 1;
}
}