Это перезапишет или создаст файл:
open(my $outfile, ">/path/to/some/filename.xml") or die "Could not open file: $!";
print $outfile $xml->XMLOut($data);
close($outfile);
Обратите внимание, что XML::Simple
, вероятно, изменит структуру вашего файла, так что это действительно имеет смысл, только если вы что-то меняете.