Вы должны сконфигурировать свой запрос или набор объектов для принудительной материализации набора результатов вместо использования уже материализованных сущностей из карты идентификации.
context.YourObjectSet.MergeOption = MergeOption.OverwriteChanges;
// now execute the query as many times as you want
или
var query = ...;
((ObjectQuery<YourEntity>)query).MergeOption = MergeOption.OverwriteChanges;