Если я правильно понимаю, что вы подразумеваете под «переменными оболочки». Если вы имеете в виду переменные, установленные в оболочке («переменные окружения»): вы можете прочитать их с помощью os.environ ...
import os
cs = os.environ.get('cs')
runstring = "cd %s" (cs)
...