Как общее правило, которое мы применяем в случае таблицы отношений "многие ко многим", пожалуйста, наметьте третью таблицу, которая содержит первичные ключи обеих ваших связанных таблиц.
Например, если table1 [Table1Id, ......] и table2 [Table2Id, .......], то создать третью таблицу table3 [Table3Id, Table1Id, Table2Id] ......
Не уверен, какую форму EF [Code-First / Database First] вы используете, вы можете просто использовать свойства Table3.Table1Collection и Table3.Table2Collection, которые необходимо сначала присоединить к контексту, а затем сохранить изменения.
Надеюсь, это поможет