Изучив документы, я почти уверен, что невозможно делать то, что вы хотите, по крайней мере, на уровне базы данных. Поскольку mongos абстрагирует фрагменты от приложения, вы не можете направить запрос к конкретному фрагменту.
Однако я думаю, что здесь есть концепция более высокого уровня. Если у вас есть длительный запрос, который не должен блокировать пользовательский интерфейс, вам лучше настроить очередь сообщений и вставить запрос в нее. Таким образом, запрос может быть запущен в фоновом режиме. Если указанный запрос повлияет на производительность системы в целом, вам, вероятно, потребуется уменьшить его влияние, либо разделив его на запросы, работающие с меньшим набором данных, и повторно собрав этот набор данных в памяти, либо найдя способ понизить его приоритет, чтобы что системные ресурсы не слишком затронуты.
Надеюсь, это поможет.