хорошо, вот решение, чтобы заставить команду вакуума работать.
if(sqlite3_exec(dataBase, "VACUUM;", 0, 0, NULL) == SQLITE_OK) {
NSLog(@"Vacuumed DataBase");
}
, которая заставляет команду работать, однако приложение заблокировано из базы данных во время работы.