ну, это действительно разовая работа ... как только вы настроите все, запустите запрос для каждого сопоставленного и проиндексированного класса, который будет извлекать все результаты ...
var allFoo = NHibernateSession.CreateCriteria(typeof(Foo)).List<Foo>();
foreach (var foo in allFoo)
NHibernateFullTextSession.Index(foo);
inконец вы можете запустить
SearchFactoryImpl sfi = SearchFactoryImpl
.GetSearchFactory(new Configuration().Configure());
sfi.Optimize(typeof(Foo));