Есть ли причина, по которой вы не можете добавить фиктивный корневой узел, а затем создать подкласс элемента управления ASP.NET для игнорирования вашего фиктивного "корневого" узла?
Вы должны указать вашему SiteMapProvider использовать разные карты сайта для меню.
Другой вопрос, который у меня возникает, - какова цель иметь несколько файлов Sitemap? Я уверен, что у вас есть веская причина для этого, но знание того, что происходит, облегчит понимание и поможет найти лучшее решение.
При этом я бы придумал доморощенную систему меню. Вы можете использовать jQuery и плагин superfish на внешнем интерфейсе и использовать C # для чтения файлов карты вашего сайта на заднем конце для построения структуры меню.