Вы путаете каталог, который вы используете для хранения исходных файлов вашего проекта, и каталог, в котором приложение развернуто на сервере.
Сначала определите, как и где вы будете развертывать приложение (если это военный файл, у вас даже не будет корневого каталога), а затем соответственно разработайте свое приложение.
Если вы хотите оставаться переносимым, вы должны определить параметр конфигурации (в вашем web.xml), определяющий, где хранятся внешние файлы, и иметь сервлет, считывающий файлы из этого каталога и записывающий их содержимое в поток вывода ответа.
Но вы также можете настроить свой сервер на обслуживание статических файлов из определенного каталога и записать XML-файл в этот каталог. Прочтите документацию своего сервера, чтобы узнать, возможно ли это сделать и как это сделать.