Это случилось со мной, когда моя рабочая машина была заменена, и я забыл проверить некоторые файлы на моей старой машине перед изменением. Моя локальная копия файла была той, с которой я хотел работать, но VSS пометил ее как проверенную на другой машине [моей старой машине].
Я просто открыл Source Safe Client, просмотрел поврежденные файлы и зарегистрировал их: клиент спрашивает, хочу ли я продолжить использовать локальный файл (Да), а затем просто перезагрузил проект в Visual Studio.