Что вы имеете в виду, когда говорите, что Eclipse содержит определенную версию сервлет-API?
Используя WTP , вы можете определять разные серверы и версии даже в одно и то же время. Вы можете установить версию сервлета при добавлении фасета «динамический веб-проект» в проект (но вы не сможете легко изменить его позже). Так что нет проблем с использованием Tomcat 5.5 с Eclipse Indigo.