Вам необходимо настроить его внутри Eclipse.Теперь, при условии, что у вас есть оболочка с правильно настроенной PYTHONPATH, вы должны иметь возможность запускать Eclipse из нее, и при добавлении интерпретатора (вы можете захотеть удалить настроенный в данный момент интерпретатор), он должен автоматически выбирать все PYTHONPATH, которые вы настроилииз оболочки (некоторые из них могут быть отключены в мастере в это время, поэтому вы должны продолжить и проверить их тоже - просто не добавляйте пути из файлов, которые вы будете редактировать внутри вашего проекта, так какследует добавить в PYTHONPATH для вашего проекта, чтобы PyDev мог отслеживать изменения в этих файлах, чтобы правильно предлагать вам завершение кода).