Есть ли для этого какая-либо библиотека, или кто-то что-то делал в Xerces, или есть ссылки на то, как это сделать, или какой-либо API или какой-либо способ сделать это в Xerces?
Я не думаю, что Xerces включает алгоритм XML diff. Если вы хотите реализовать это самостоятельно, посмотрите этот тезис и сопровождающий код Java .