Вот ссылка на руководство. Вы можете указать, заменять ли существующие записи.
--replace, -r
Опции --replace и --ignore управляют обработкой входных строк, которые дублируют существующие строки с уникальными значениями ключа. Если вы укажете --replace, новые строки заменят существующие строки с одинаковым значением уникального ключа. Если вы укажете --ignore, входные строки, дублирующие существующую строку с уникальным значением ключа, будут пропущены. Если вы не укажете ни один из параметров, при обнаружении дублированного ключевого значения возникает ошибка, а остальная часть текстового файла игнорируется.
Если вы используете phpmyadmin, у вас будет опция для этого в графическом интерфейсе.