Я потратил немало времени на работу с PHP как в конфигурации IIS, так и в конфигурации сервера Apache (Windows). Я видел пару раз, что Apache предпочтительнее IIS.
У меня сложилось впечатление, что одной из основных причин Apache по сравнению с IIS было то, что производительность под CGI через IIS была значительно ниже. Тем не менее, поддержка Fast CGI, похоже, устранила большую часть этой проблемы.
Другая проблема, безусловно, связана с расходами на лицензирование, но при условии, что это не проблема, каковы другие отличия, если предположить платформу на базе Windows?