Проверьте параметр разделитель строк файла . И в Zend Studio, и в Eclipse это должно быть в Windows-> Настройки-> Общие-> Рабочая область
Если вы используете unix-подобный сервер, вы должны использовать:
- кодировка текстового файла: utf-8
- новый разделитель строк текстового файла: unix
Настройте параметры на основе сервера, с которым будет работать ваш скрипт, а не на компьютере, который вы разрабатываете.