Наиболее заметное влияние наличия нескольких файлов JavaScript - это время, необходимое для отображения страницы. Каждый тег сценария обрабатывается отдельно и добавляет время к общему процессу рендеринга.
Довольно хороший ответ можно найти здесь @ несколько против одного тега сценария
Если мы говорим о большом количестве сценариев, то вы можете увидеть улучшение во времени рендеринга; если это всего два или три файла, то, вероятно, они не принесут заметной разницы после кэширования файлов.
Я бы посоветовал протестировать время отрисовки страницы в обоих случаях и посмотреть, сколько улучшений вы видите в вашем случае, и принять решение на основе этой информации.
В качестве полезного примера приведем некоторые статистические данные из Xpedite (инструмент минимизации времени выполнения, который я создал некоторое время назад); обратите внимание на разницу во времени от загрузки до готовности для комбинированных и некомбинированных сценариев.