Поступая таким образом (если я правильно понял ваш ответ), вы указываете установке CI1.7 (которая получает URL-адрес и интерпретирует его) для поиска контроллера с именем "webci17" и метода с именем "webci20" ( при условии, что вы не делали переотображения). Конечно, вы получаете ошибку 404. Не найдено.
Вы, безусловно, можете иметь 2 разные установки на одном сервере, даже если они имеют разные версии, но вы достигаете этого, разделяя папки (и устанавливая соответствующую переменную), как четко указано в руководстве пользователя: manage_apps
Если вы хотите интегрировать что-то в вашу установку, как если бы это была другая установка CI, вы могли бы принять во внимание использование реализации HMVC codeigniter modular extension , но это другая история, и я очень сомневаюсь он будет работать с 2 различными версиями CI (многие функции были переименованы и / или отключены в последней версии).
Вы также можете попробовать обновить ее до последней версии (2.0.2), вы можете найти информацию о том, как это сделать, на их форуме (например, посмотрите эту тему )