Вам не нужно помнить NSManagedObjects.Они легко доступны из объекта NSFetchedResultsController.Просто запомните в массиве NSIndexPaths выбранных объектов.Тогда вы можете получить доступ к этим объектам аналогичным образом:
MyObject *object = (MyObject *)[self.fetchedResultsController objectAtIndexPath:
[anArray objectAtIndex:index]];