По поводу кода выше просто вставьте
//set a delay on load
$('#mask').delay(5000);
Сразу после кода ниже
//Set heigth and width to mask to fill up the whole screen
$('#mask').css({'width':maskWidth,'height':maskHeight});
После этой пасты
//set a delay on load
$(id).delay(5000);
Прямо перед
//transition effect
$(id).fadeIn(2000);
Надеюсь, это поможет.