Maaalte правильно, что вы хотите сделать, это onCreate проверить наличие вашего пользовательского файла и, если он есть, переименовать его в стандартное имя файла общих настроек.
Другой вариант - прочитать ваши старые настройки один-в-один и используйте API общих настроек, чтобы добавить их, когда вы их читаете, а затем удалите свои старые префы, когда закончите.