Я видел ту же проблему, но слишком много переменных, чтобы знать наверняка. Понятно, что nocookie-плеер, который загружается с youtube-nocookie, загружается намного медленнее, чем обычный игрок. Google, вероятно, посвятил меньше ресурсов этой версии плеера, возможно потому, что он собирает меньше доходов, чтобы компенсировать стоимость показа видео. При использовании обычного плеера иногда за пределами YouTube дела идут медленнее, но это может быть чисто случайно.
Наличие общего хостинга или нет, не должно иметь значения, поскольку, как вы заметили, видеопоток идет напрямую между серверами Google и браузером пользователя.