Как вы планируете установить эти приложения? Поскольку вы говорите, что используете Ubuntu, то я предполагаю, что вы будете устанавливать приложения либо с помощью графического менеджера, либо с помощью apt-get или aptitude.
Если вы используете графический менеджер программ, он должен запросить ваш пароль; это выполняет sudo под капотом.
Если вы используете apt-get или aptitude или что-то подобное, эти программы необходимо запустить от имени пользователя root для установки.
В обоих вышеописанных сценариях установки для пакетов будут (должны) обрабатываться любые проблемы, связанные с пользователем, которые необходимы для правильной работы устанавливаемой программы. Например, когда я сделал apt-get install jenkins, сценарии установки автоматически создали для меня пользователя jenkins, и мой сервер Jenkins CI автоматически запускается как пользователь jenkins.
Конечно, если вы собираете все эти программы вручную, все ставки сняты, и вам нужно будет выяснить, как лучше всего сделать все это самостоятельно. Конечно, если вы компилируете эти программы вручную, чтобы установить их, мне придется спросить, почему вы используете Ubuntu, в первую очередь; одна из лучших частей использования дистрибутива Linux с возможностями управления пакетами - это ИСПОЛЬЗОВАНИЕ указанного управления пакетами! (Примечание: под этим утверждением я имею в виду все, что основано на Debian; и я понимаю, что yum в Red Hat предоставляет очень похожие возможности, но с 2003 года я ничего не использовал RedHat.)