lein deps
извлечет версию clojure, которую вы объявили в :dependencies
вашего project.clj
, а lein swank
запустит сервер-swank, используя эту версию clojure.
Кстати: изнутри emacs, мне кажется, удобнее просто использовать M-x clojure-jack-in
из буфера, связанного с каким-то файлом в вашем проекте. Это также начнется для тебя.