Я бы подошел к этому, написав скрипт, который берет список всех файлов в каталоге, сохраняет их в массиве (так как вы используете php), а затем один за другим запрашивает вашу базу данных, чтобы увидеть, существуют ли они в стол.
Если они это сделают, то ничего не сделайте, если они этого не сделают, то удалите.
Также было бы полезно записать в файл журнала имена тех, которые вы удалили только для истории.
Вы можете запустить это из командной строки, используя curl, и даже настроить его как задание chron (если вы используете Linux) или как запланированное задание (в Windows), чтобы оно запускалось автоматически.